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授業のテーマ
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授業の内容(90分授業=2時間)
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事前/事後学修の内容
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化学情報学の概観
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・化学と情報学、機械学習、AI ・化学と材料科学、生物学との関連
急速に発展してきている一般にはAIと一括りで呼ばれることが多い技術は、もちろん化学分野においても影響を及ぼしている。イントロダクションとして化学と情報学の接点を見ていこう。
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スライドの内容を参照し、予習・復習を行う。
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2
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化学情報学の実用例:AlphaFoldを例に
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・化学情報学の創薬分野への応用 ・ビッグデータ、機械学習、大規模計算
化学や生命系分野の研究者の間で最近話題になったものとして2024年ノーベル化学賞の対象となったAlphaFoldがある。これはタンパク質構造を予測するAIだが、ここでは化学情報学の入口としてその背景を理解し、化学×AIの感覚を身につける。
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スライドの内容を参照し、予習・復習を行う。また実施したハンズオンがある場合はその作業の見直しをすること。
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3
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分子構造と分子運動
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・量子力学による化学結合と分子構造の理解 ・運動方程式による分子運動の理解
化学現象には分子が主要な役割を果たしているため、背後にある物理法則を知っておくほうがよい。「物理は難しい」と思われるかもしれないが、コンピュータと情報学は物理学の難しい部分を肩代わりしてくれることも学んでいく。
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スライドの内容を参照し、予習・復習を行う。
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4
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化学におけるコンピュータシミュレーション
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・量子化学計算、第一原理計算 ・分子動力学シミュレーション
水分子のような典型的な分子でさえ物理の方程式を厳密に解くことはできない。そこで利用される手段のひとつがコンピュータによるシミュレーションである。ここではそのような計算を学び、体験してみることにする。
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スライドの内容を参照し、予習・復習を行う。また実施したハンズオンがある場合はその作業の見直しをすること。
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5
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化学データにおける特徴量
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・高分子材料の物性や医薬品分子の活性 ・分子構造のコンピュータにおける取り扱い
機械学習やAIは一般的な方法であるため化学にそのまま応用できるはずである。しかし、例えば化学式(単なる文字列)が与えられたとき、どのように機械学習に使えばよいのだろうか。
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スライドの内容を参照し、予習・復習を行う。
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6
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化学データの統計解析
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・数値データの平均、分散等の計算および可視化 ・データのクラスタリング、次元圧縮
沸点などの化学データが与えられたときに平均値やそのゆらぎを知ることは重要である。一方で大量のデータがある場合には可視化やデータのまとまり(クラスター)を認識することが役に立つため、ここではこれらを実践する。
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スライドの内容を参照し、予習・復習を行う。また実施したハンズオンがある場合はその作業の見直しをすること。
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7
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分子物性・活性の予測、分子構造の生成
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・統計解析や機械学習における予測 ・生成モデルを利用した分子構造の生成
新規分子からなる物質があった場合、どのような性質を持つのかを予測することができれば実用上望ましい。さらに、そのような「新規分子」を提案してくれるような方法はないだろうか。
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スライドの内容を参照し、予習・復習を行う。また実施したハンズオンがある場合はその作業の見直しをすること。
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8
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分子シミュレーションと機械学習の融合
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・シミュレーションによる化学データの生成 ・実験データと計算データを統合した機械学習モデルの構築
コンピュータによって物理法則のシミュレーションができるならAIは必要ないのだろうか。これらは相反するものではなく、お互いを有効活用することにより、さらに豊富な化学データを得ることが可能となる。
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スライドの内容を参照し、予習・復習を行う。また実施したハンズオンがある場合はその作業の見直しをすること。
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9
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最近の化学情報学における話題
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・創薬に向けた生成モデルの活用 ・量子コンピュータと化学情報学
化学情報学の具体的な応用先として創薬があり、活発に議論されるようになってきた。また、全く異なる流れとして量子コンピュータと呼ばれる技術の化学応用もすでに始まっている。
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スライドの内容を参照し、予習・復習を行う。
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